无菌动物是指现有检测方法不能检出任何活的微生物和寄生虫的动物。普通的实验动物体内外带有寄生虫，体内带有细菌和病毒，难于排除某些潜在的传染病。此外，普通实验动物的血清中含有抗体。因此应用普通动物进行医学科学研究，将会存在各种各样潜在的干扰，实验结果往往不确切。使用无菌动物就可以消除上述干扰，使实验结果正确可靠。
      无菌动物的“菌”主要是指细菌，而严格来说，还包括真菌、立克次体、支原体和病毒等微生物及各种寄生虫。而所谓“无”不是绝对的，不过是根据现有的科学知识和检查方法在一定时期内不能检出已知的微生物和寄生虫而已。随着科学技术的发展，现在认为是无菌的动物或许将来可以检出微生物和寄生虫而不是无菌动物，因此这个“无”是相对而言的。
      用大量抗生素也可以使普通动物暂时无菌，但是这种动物不是无菌动物。因为这种无菌状态往往是一过性的，某些残存的细菌在适当的条件下又会在体内增殖；即使能把体内细菌全部杀死，它们给动物造成的影响却是无法消除的，如特异性抗体的存在、网状内皮系统的活化、某些组织或器官的病理变化等。因此，无菌动物必须是生来就无菌的动物。