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      巴氏杆菌病
      是实验兔最常见的健康疾病，由多杀巴氏杆菌引起，不同分离毒株的毒力不同。大多数普通级实验兔为隐性携带者，病原驻留在实验兔上呼吸道，但不表现临床症状。当受到应激时，可表现为包括鼻炎、结膜炎、支气管肺炎、中耳炎、脓肿、子宫蓄脓或败血症在内的多种症状。鼻炎，俗称“鼻塞”，其特征是打喷嚏和产生粘液脓性鼻涕。这种分泌物也常见于前腿内侧，因为兔子会用前肢擦鼻子。一些实验兔会表现出慢性鼻塞，或者可能发展成更严重的疾病。还可以观察到化脓性结膜炎，而且眼睛周围的毛发通常会被擦掉。中耳炎可能发展为内耳感染（内耳炎），临床表现为斜颈（头部倾斜）和平衡问题。这种综合征也被称为“歪脖子”。虽然抗生素可以改善临床症状，但治疗并不能完全消除病原。最好的预防措施是购买无巴氏杆菌实验兔。
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      肠毒血症
肠毒血症是引起实验兔腹泻性疾病的主要原因，是由一种或者多种梭菌属的细菌过度增殖所致。应激、饲料改变、断奶或者抗生素治疗都可能导致梭菌的过度增殖。感染后，实验兔会表现出精神沉郁和拒绝采食等症状。肠毒血症会引起动物死亡，剖检可见盲肠出血和水肿。在试验条件下，对新进动物实施科学的新饲料适应流程和提供干草，可以有效避免该疾病的发生。
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      球虫病
      也是导致实验兔腹泻的常见原因之一，由一种或多种品系的艾美耳原虫感染引起的。成年实验兔可能不表现临床症状，但是年幼实验兔会表现出肚子大、体重下降和腹泻等症状。腹泻可间歇性发作，有时还带有血块。感染的动物可以用驱球虫药治疗，并通过严格的清洁和消毒流程来预防控制球虫病。
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      黏液性肠病
黏液性肠病在7-10周龄的实验兔子中最为常见。易感因素包括饮食变化、膳食纤维<6%或>22%、抗生素治疗、环境压力和其他细菌的侵袭。临床症状包括腹部膨大伴随肠道的晃动声、弓背、沉郁、多饮、厌食、体温降低和便秘后的大量黏液性腹泻。饲养条件的突然变化是诱发本病的重要外界因素。通常无特效疗法，主要通过加强饲养管理，提供适当的、富含纤维的饲料来预防。
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      耳螨
      常发生在普通环境饲养的实验兔中。是由一种嚼食耳内部表皮的体表寄生虫引发的严重炎症反应。患兔耳内可见深棕色硬皮屑样物质，动物表现摇头和抓挠耳部的症状。偶尔能在头部皮肤背侧发现抓挠导致的皮肤损伤。伊维菌素治疗可以有效杀灭螨虫，治疗时兽医可将耳道内集聚物移除。
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      眼球突出症
      实验兔眼球突出症是一种常见的遗传性疾病。患兔双眼会逐渐向外凸出，角膜最终会变得浑浊。病程发展缓慢无需治疗。患兔不能做种，可作为天然的青光眼动物模型。
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      胃毛团症（毛球）
      由过度理毛导致，发病率高。患兔会突然停止采食和饮水，不排便，但是精神状态和警觉性正常。在某些情况下，由于缺乏纤维或咀嚼行为，导致其无聊的过度理毛，这时提供丰富的环境能够改善这种情况。也可以通过增加纤维含量或将干草与颗粒饲料一起喂食来纠正这种行为，在饮食中添加0.25%的氧化镁也能改善该情况。另外，给兔子刷毛可以去除多余的毛发，也可以减少该病症的发生。  
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      溃疡性脚皮炎
      通常见于饲养在金属网底笼具内的体重较大的实验兔身上，也可由踩踏造成皮肤损伤进而导致继发感染而引起。该疾病病变特征是跖骨腹侧的皮肤因破损后感染葡萄球菌等细菌而溃烂，有时也会形成脓肿。治疗包括清洁和包扎脚部，并将动物饲养在实心底的笼子里。笼子里加厚而柔软的垫料，或者添加舒适的脚垫等可以有效预防该病发生。